Frank Zebner studierte in 1980er Jahren nach seinem Zivildienst in der Altenpflege und in einem Kinderschutzhaus Design in München, Schwäbisch Gmünd und Offenbach am Main. Als Designer arbeitete er in München, London und San Francisco, unter anderem für frogdesign, Moggridge Associates und ID TWO (heute IDEO).
Von der engen Zusammenarbeit mit Bill Moggridge in San Francisco beeinflusst, konzentrierte er sich in darauffolgenden Jahren verstärkt auf den Bereich Interaktionsdesign. Mitte der 1990er-Jahre war er als Head of Interface- and Transportation-Design bei Siemens an Infrastruktur-, Mobilitäts- und Designprojekten für den öffentlichen Verkehr beteiligt – unter anderem bei der Entwicklung des Intercity Express 3.0. Zudem erfüllte er für das Siemens Global Design Headquarter weltweite Entwicklungsplanung- und Durchsetzungsaufgaben für das Corporate Design und die Corporate Identity.

1997 wurde er zum Professor für Produkt- und Kommunikationsgestaltung an die Hochschule für Gestaltung Schwäbisch Gmünd berufen.
2008 erfolgte der Ruf an die Hochschule für Gestaltung Offenbach am Main für das Lehrgebiet Technische Produkte und Produktsysteme. Er war zunächst als Prodekan tätig und wirkte in der Zeit von 2010 bis 2016 als Dekan des Fachbereichs Design. Im November 2019 wurde Frank Zebner erneut für eine dreijährige Amtszeit zum Dekan des Fachbereichs gewählt.​

Als Gastprofessor lehrt Zebner an zahlreichen Hochschulen und Universitäten in Europa, Asien und Australien. Er war Honorarprofessor an der National Taipei University of Technology in Taiwan und hatte 2016 eine Supervisor-Professur an der China Central Academy of Arts CAFA in Peking im Bereich Transportation and Mobility Design inne. 2017 erfolgte die Ernennung zum Gastprofessor an der School of Fine Arts der Guangzhou University und an das BIT Beijing Institute of Technology.
Als Jury-Mitglied begleitete er unter anderem die Designpreisauslobungen des DIA Hangzhou, German Design Award, Red Dot Design Award, ZVSHK Produkt Award und IF Design Award. Zebner ist Gründer des Design Institute of Technology (ehemals DIIO), eine Projektplattform des von ihm vertretenen Lehrgebiets an der Hochschule für Gestaltung, welches unter anderem Designforschung und -entwicklung für mittlere und große Unternehmen durchführt, etwa für Audi, Lamy, Porsche oder Lufthansa.

Zahlreiche Auszeichnungen für Entwurfs- und Forschungsleistungen, Tätigkeiten als Juror, Veröffentlichungen zu Fragestellungen des Designs. Seit 2014 Mentor des Designnetzwerkes Hessen (IHK Offenbach). Mitglied im Verband Deutscher Industrie Designer (VDID), Gründungsmitglied der Gesellschaft für Designgeschichte (GfDg) und Attac-Mitglied.

​Seit 2020 ist er Vorstandsvorsitzender des gemeinnützigen Vereins ‚design inclusion‘ in Offenbach. Der Verein wird 2021 zum ersten Mal einen Designpreis für inklusive Projekte in Höhe von 10.000 EUR ausloben.

In München führt er seit 1998 ein eigenes Atelier und ist als Chefberater u.a. für bulthaup tätig. Weitere Kunden sind BMW, Porsche, RWE, Gaggenau, Oventrop, Meiko, Mini, mato und Siemens. Seit 2017 ist er Creative Consultant für den Designpark Offenbach.